プレイヤーは主人公のフォックスが乗るアーウィンを操る。
1つの惑星や宙域が1つのステージとなる。プレイヤーは惑星コーネリアのステージから始め、最終的に敵の本拠地であるベノムのステージまでたどり着く事が目的である。
各ステージでは、ストーリー進行とともに課せられる任務を完了すればステージクリアとなる。任務としては、その惑星のボスを倒す、ワープ航法を完了させる、ミサイルを撃墜するなどがある（又、任務の完了の仕方などにより「ステージ分岐」が発生する事もある）。
敵の攻撃を受ける、地形にぶつかるなどするとアーウィンのシールド残量が減っていく。シールド残量が0になるとミスで、残機が1つ減る。残機が0の状態でミスをするとゲームオーバーになる。
ステージクリア後には「作戦終了」か「作戦完了」のどちらかが表示される。クリアした際にルート分岐が特に無いステージの場合は、ボスを倒してステージクリアをすれば無条件に「作戦完了」となり、次のステージへと進める。ルート分岐のあるステージの場合は、任務を完全に遂行しないままクリアすると「作戦終了」、任務を完全遂行すれば「作戦完了」となり、それぞれ次のステージが異なる。ただし作戦完了の場合は、作戦終了ルートに進むことを選択する事も可能。なお、作戦完了ルートは基本的に難しい。
ルート分岐が無い例：惑星ソーラはクリアすれば必ず「作戦完了」となり、次のステージは必ず惑星マクベスとなる。
ルート分岐が有る例：惑星カタリナでは「コーネリア軍の前線基地を守る」という任務が与えられる。このステージで基地を守りきれなかった場合、次のステージはセクターXただ一つに決定する。しかし、見事に基地を守りきると、プレイヤーは次のステージに惑星ソーラとセクターXのどちらかを選ぶことができるようになる。
ステージ選択画面では前ステージと次ステージがライン（ワープ航法によるクリアでは直線上に移動する光）で結ばれており、このライン（もしくは光）には3色ある。これは次のステージの難易度を示しており、難しい方から赤、黄色、青である。
各ステージで仲間の戦闘離脱がない状態で、敵の撃墜数が一定量を超えると、ステージごとに勲章がもらえる。ステージを進んでいる時に、敵の撃墜数のカウントの文字色が白からオレンジ色に変わると、勲章をもらえる条件を満たしていることになる。
全てのステージで勲章を取ると、ウイングの耐久力が低下するなど、難易度がアップしたエクストラモードステージが出現する。また、サウンドテストでゲーム中のBGMを聞くことができるようになる。
1ステージで512点以上取るとランキング表示が256点少なくなるというバグがある（エンディング直後のランキング表示は512以上でも正常）。
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